R

集団構造解析ソフトAdmixtureの使い方

形態などのデータからそれなりに多様性があることがわかっている個体群について、各個体の全ゲノム的な多型データが得られているとする。 このとき、 1. その集団を遺伝的に同じ起源を持つグループ(=祖先集団)に分けた場合、どのように分けられるか? 2. …

Rのデータフレームで検索と置換をする方法

(2019年12月26日追記) 普段からエクセルを使い慣れている人にとっては、「検索と置換」はよく使う機能だと思う。 Rのデータフレームで同様の処理をする機会があり、素人なりに方法を調べたのでまとめてみた。 データフレームの準備 適当なデータでデータフ…

igraphでシンデレラガールズのアイドル紹介相関図

アイドルマスターシンデレラガールズ第6回総選挙が終わりましたね。楓さんおめでとうございます。 さて、今回の総選挙では、登場アイドルがお題に沿って他のアイドルを紹介する特設ページ開設され、話題になった。 www.nicovideo.jp 全アイドルを網羅する内…

Rのigraphで相関図

最近、「Rパッケージのigraph*1って相関図描くのに便利そうだな-」と思っているので、練習も兼ねて簡単な作図と計算をしてみた。たとえば、イロハ、すもも、梨子、てゐの4人に以下のような関係があったとする。 イロハはすもも、てゐを知っている すももは…